Senza l'aiuto finanziario di sua nonna in Germania, Olga Schlösser, Gustavo Kuerten probabilmente non sarebbe riuscito a entrare nel campo professionale. Poiché non c'era il sostegno statale, la famiglia ha dovuto pagare da sola la formazione sportiva del proprio talento tennistico. All'età di sei anni viene allenato dal padre Aldo e, dopo la sua prematura scomparsa, dal fratello Raphael, arrivando al sesto posto della classifica juniores. Nel 1994 è passato al campo professionistico. Il 18enne non si è fatto notare solo nei tornei individuali. Come giocatore di doppio ha vinto il torneo juniores degli Open di Francia nel 1994 con Nicolás Lapentti . Era il numero 421 della classifica mondiale ed è entrato tra i primi 200 nel 1995. Senza un vero risultato di vertice, è salito all'88esimo posto nel 1996.
La sua svolta è arrivata all'Open di Francia nel 1997, quando ha vinto il torneo come instabile (n. 66 nella classifica mondiale). Nel terzo turno ha incontrato l'allora re della terra battuta e campione del Roland Garros dal 1995, Thomas Muster , che ha sconfitto 6:7, 6:1, 6:3, 3:6, 6:4. Nel turno successivo ha incontrato Andrij Medwedjew , che aveva già vinto tre volte l'importante torneo su terra battuta del Rothenbaum di Amburgo. Kuerten ha prevalso di nuovo in cinque set (5: 7, 6: 1, 6: 2, 1: 6, 7: 5). Nei quarti di finale ha sconfitto il detentore del titolo Yevgeny Kafelnikow dopo 1: 2 set di svantaggio 6: 2, 5: 7, 2: 6, 6: 0, 6: 4, poi in finale il due volte vincitore del Roland Garros Sergi Bruguera ha sconfitto senza problemi tre set con 6: 3, 6: 4, 6: 2.
Kuerten ha avuto particolare successo sulla sabbia. Ha vinto per tre volte il torneo su terra battuta più importante del mondo, l' Open di Francia . Ha vinto anche la Tennis Masters Cup nel 2000 , diventando il numero uno della classifica mondiale. Dopo due operazioni all'anca, ha dovuto fare una lunga pausa.
Dopo aver lanciato la propria linea di abbigliamento, Kuerten ha riprovato nel 2007 ad affermarsi tra i migliori al mondo. Dal 2006 ha anche lavorato di nuovo con il suo ex allenatore di lunga data Larri Passos , con il quale aveva festeggiato i più grandi successi. Quando Kuerten ha dovuto ammettere la sconfitta al francese Paul-Henri Mathieu 3:6, 4:6, 2:6 al primo turno degli Open di Francia 2008 , ha concluso la sua carriera professionale dopo 13 anni.