OpenChrom

OpenChrom
Screenshot della versione 1.3.0 "Dalton" di OpenChrom Community Edition
Dati di base
sviluppatore	Lablicate GmbH et al.
Anno di pubblicazione	24 marzo 2010
Versione attuale	1.4.0 ( agosto 2019 )
sistema operativo	Microsoft Windows , macOS , Linux
linguaggio di programmazione	Giava
categoria	Chemio- e bioinformatica
Licenza	EPL , componenti di terze parti in parte con altre licenze compatibili con OSI
di lingua tedesca	no
openchrom.net

OpenChrom è un software gratuito per l'analisi dei dati di spettrometria di massa dalla cromatografia . Il focus è sull'elaborazione dei dati di misura da sistemi cromatografici (es. GC/MS, LC/MS, Py-GC/MS, HPLC-MS). Sono supportati formati di dati di diversi produttori come Agilent , Bruker , Shimadzu , Thermo Fisher Scientific , PerkinElmer e altri fornitori.

OpenChrom supporta solo l'analisi dei dati di misurazione già registrati. Il controllo del dispositivo non è supportato. Il software ha un'interfaccia utente grafica personalizzabile. Per l'elaborazione dei dati cromatografici sono disponibili metodi per trovare le linee di base e per rilevare e integrare i picchi. I filtri consentono un'ulteriore ottimizzazione dei dati, ad esempio per rimuovere frammenti di massa (m/z) come acqua (18) e azoto (28). OpenChrom è un software gratuito e si basa su un approccio modulare per integrare metodi e algoritmi aggiuntivi nella piattaforma. OpenChrom è basato su Eclipse Rich Client Platform (RCP) ed è disponibile per i sistemi operativi Microsoft Windows, Linux e Mac OS X. OpenChrom è sotto la Eclipse Public License 1.0 (EPL). I componenti di terze parti vengono forniti tramite plug-in separati e sono disponibili con varie licenze compatibili con OSI .

storia

ChemClipse nella versione 0.7.0

OpenChrom è stato sviluppato come parte della tesi di Philip Wenig presso l' Università di Amburgo . Nel suo lavoro si è occupato di pattern recognition su dati da pirolisi analitica accoppiata a gascromatografia e spettrometria di massa (Py-GC/MS). Utilizzando il modulo ChromIdent, puoi impostare i tuoi database di pirogrammi per l'identificazione. Il software è stato implementato in modo generico di conseguenza ed è apparso subito chiaro che l'applicazione poteva essere utilizzata anche per altri problemi con cromatogrammi difficili da valutare, come l'analisi di sostanze odorose in una matrice complessa.

Nell'agosto 2010 OpenChrom ha ottenuto il primo posto nella Thomas Krenn Open Source Funding Competition e nel marzo 2011 ha vinto l'Eclipse Community Award come migliore applicazione RCP . Gli sviluppatori sono anche membri fondatori dell'Eclipse Science Working Group. Anche dopo il successo della commercializzazione del software libero e dei servizi correlati, l'impegno della società Lablicate nell'area dell'open source è stato nuovamente confermato dalla pubblicazione del software gemello ChemClipse , i cui diritti di naming sono di proprietà della Fondazione Eclipse .

Il team di Lablicate è integrato nella ricerca e nell'insegnamento del dipartimento di chimica dell'Università di Amburgo . Gli studenti interessati alla chemiometria e alla bioinformatica sono specificamente promossi e supportati dal tutoraggio . Attraverso la cooperazione con il dipartimento per la spettrometria di massa , gli sviluppatori di OpenChrom rimangono in contatto diretto con i professionisti e con i loro problemi di usabilità quotidiani quando si tratta di software di valutazione scientifica complessi. Il team di Lablicate è anche presente a eventi scientifici e offre workshop per giovani scienziati .

Formati di dati supportati

Ogni produttore di solito memorizza i dati di misurazione registrati nel proprio formato di dati. Nella maggior parte dei casi, questi formati di dati sono proprietari e quindi inaccessibili alle soluzioni software di altri produttori. Un vendor lock-in indotto tecnicamente porta a una distorsione della concorrenza . Ciò rende difficile confrontare i dati di misurazione e ostacola lo scambio scientifico. Inoltre, gli sviluppatori di software devono eseguire complesse operazioni di reverse engineering dei formati per rendere leggibili i dati.

L'obiettivo di OpenChrom è supportare la più ampia gamma possibile di formati diversi. A tal fine vengono forniti gratuitamente i convertitori integrati nel programma . I dati grezzi vengono importati e rimangono invariati. Inoltre, OpenChrom consente di salvare i dati di misurazione analizzati in formati aperti . OpenChrom fornisce il proprio formato open source (* .ocb) per questo scopo. Questo formato non salva solo i dati di misurazione, ma anche i risultati dell'identificazione.

Rivelatore selettivo di massa

• Agilent * .D (DATA.MS e MSD1.MS)
• Libreria AMDIS (* .msl)
• Bruker Flex MALDI-TOF MS (* .fid)
• Chromtech (* .dat)
• CSV (* .csv)
• Finnigan (* .RAW)
• Finnigan MAT95 (* .dat)
• Finnigan ITDS (* .DAT)
• Finnigan ITS40 (* .MS)
• Finnigan Elemento II (* .dat)
• JCAMP-DX (* .JDX)
• Microsoft Excel (* .xlsx)
• mzXML (* .mzXML)
• mzData (* .mzData)
• NetCDF / ANDI / AIA (* .cdf)
• Testo NIST (* .msp)
• OpenChrom (* .ocb)
• Carichi di picco (* .mpl)
• PerkinElmer (* .raw)
• SMS Varian (* .SMS)
• Varian XMS (* .XMS)
• VG MassLab (* .DAT_001; 1)
• Shimadzu (* .qgd)
• Shimadzu (* .spc)
• Acque (* .RAW)
• Agilent ICP-MS (* .icp)
• Finnigan ICIS (* .dat)
• mzML (* .mzML)
• mzMLb (* .mzMLb)
• mz5 (* .mz5)
• mzDB (* .mzDB)
• MassHunter (* .D)
• Finnigan ICIS (* .dat)
• MassLynx (* .RAW)
• Grammi galattici (* .cgm)
• Formato generico mascotte (* .mgf)
• ...

Rivelatore a ionizzazione di fiamma

• FID Agilent (* .D / *. Ch)
• Testo FID (* .xy)
• NetCDF / ANDI / AIA (* .cdf)
• PerkinElmer (* .raw)
• Varian (* .run)
• Finnigan FID (* .dat)
• Finnigan FID (* .raw)
• Shimadzu (* .gcd)
• Arw (* .arw)
• ...

Altri formati

• Carichi di picco (* .mpl)
• NIST -DB (* .msp)
• AMDIS (* .msl)
• AMDIS (* .cal)
• AMDIS (* .ELU)
• MassBank (* .txt)
• SVG (* .svg)
• CAP (* .zip)
• Banca dati SIRIUS (* .ms)

Funzioni principali

OpenChrom mette a disposizione un gran numero di funzioni per l'elaborazione dei dati cromatografici, che sono rese disponibili modularmente tramite estensioni ( plug-in ) e possono essere importate e aggiornate indipendentemente dal programma principale:

• elaborazione nativa dei dati cromatografici ( MSD e FID )
• elaborazione automatica dei dati ( elaborazione batch )
• Rilevamento e correzione della linea di base
• I migliori rivelatori e integratori
• Filtri (rimozione di frammenti di massa e scansioni, riduzione del rumore, filtro Savitzky-Golay , CODA , backfolding )
• Regolazione dei tempi di ritenzione e impostazione degli indici di ritenzione
• Confronto di cromatogrammi e identificazione di picchi e spettri di massa per creare database con sostanze di riferimento
• Rappresentazione di molecole identificate con il CDK
• Quantificazione con standard interni o esterni
• Sottrazione di spettri di massa
• Analisi dei componenti principali (PCA)
• Integrazione di OpenOffice / LibreOffice e Microsoft Office
• Connessione LIMS

Versioni

Le versioni ufficiali di OpenChrom sono in circolazione dal 2010. Ogni versione prende il nome da un famoso scienziato nel campo della cromatografia e/o della spettrometria di massa.

Evidenze individuali

1. ↑ Open Hub : Collaboratori OpenChrom: Elenco
2. ↑ OpenChrom Release 0.1.0 su SourceForge .
3. ↑ Il progetto Open Source di openchrom su Open Hub: Languages ​​Page . In: Open Hub . (consultato il 19 luglio 2018).
4. ↑ OpenChrom nel Marketplace di Eclipse
5. ↑ Andreas Klingberg, Philip Wenig: Valuta con l'Open Source. In: Notizie dalla chimica . 62, 2014, pag.1085 , doi : 10.1002 / nadc.201490380 .
6. ↑ ^{a b c} Philip Wenig: OpenChrom - l'alternativa open source multisistema a ChemStation ( PDF ), 10 luglio 2012
7. ↑ Metodi basati su software per l'identificazione supportata da database di sostanze organiche mediante pirolisi analitica accoppiata a gascromatografia/spettrometria di massa (Py-GC/MS) , Philip Wenig, dissertazione ; 2012 ; DNB 1027167683
8. ↑ Post-ottimizzazione dei dati Py-GC/MS: un caso di studio che utilizza un nuovo filtro digitale di riduzione del rumore chimico (NOISERA) per migliorare la qualità dei dati utilizzando il software di spettrometria di massa OpenChrom , Philip Wenig, Journal of Analytical and Applied Pyrolysis ; 2011 ; doi : 10.1016 / j.jaap.2011.05.013
9. ↑ Dr. Filippo Wenig, dott. Andreas Klingberg: Utilizzo di ChromIdent per valutare i dati di pirolisi GC/MS: una sfida sportiva , Lablicate UG, 11 settembre 2014
10. ↑ Caratterizzazione delle emissioni odorigene utilizzando un nuovo software per l'identificazione dei picchi nei modelli chemiometrici di gascromatografia - set di dati di spettrometria di massa , KR Murphy, P. Wenig, G. Parcsi, T. Skov, RM Stuetz, Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems ; 2012 doi : 10.1016 / j.chemolab.2012.07.006 , Loads2Chrom
11. ↑ Werner Fischer: Thomas Krenn Open Source Funding 2010 , Thomas-Krenn.AG, 23 agosto 2010
12. ↑ Oliver Frommel: sono stati determinati i vincitori del premio per il finanziamento open source , Admin-Magazin , 23 agosto 2010
13. ↑ Alexander Neumann: EclipseCon: Eclipse Community Awards con vincitori tedeschi , Heise online , 22 marzo 2011
14. ↑ Philip Wenig: segnale di partenza per l'Eclipse Science Working Group , JAXenter, 10 giugno 2014
15. ↑ Diana Kupfer: "Open source e scienza sono un dream team" , JAXenter, 13 giugno 2014
16. ↑ Alexander Neumann: Strumenti di sviluppo per ricercatori sotto l'egida di Eclipse , Heise online , 24 giugno 2014
17. ↑ Hans-Joachim Baader: Eclipse lancia la piattaforma scientifica , Pro-Linux , 24 giugno 2014
18. ↑ Philip Wenig: I tempi sono maturi per una piattaforma scientifica comune basata su Eclipse , JAXenter, 12 agosto 2013
19. ↑ Diana Kupfer: Progetto ChemClipse: Eclipse per analisi chimiche , JAXenter, 5 gennaio 2015
20. ↑ Hartmut Schlosser: ChemClipse si presenta: Eclipse incontra la scienza , JAXenter, 9 gennaio 2015
21. ↑ Andreas Klingberg: Lablicate - Uno spin-off per gli strumenti di analisi nel campo della cromatografia e della spettrometria di massa , CU, Chimica, Università di Amburgo , giornale dei dipendenti, numero 19, dicembre 2015
22. ↑ Università di Amburgo: Dipartimento di Chimica: OpenChrom®
23. ↑ Philip Wenig, Andreas Klingberg: Elaborazione e interpretazione dei dati di spettrometria di massa con OpenChrom , Società tedesca per la spettrometria di massa
24. ↑ Eclipse per chimici: OpenChrom 0.8.0 con molte nuove funzionalità
25. ↑ Appena pulito per l'analisi chimica: Apri Chrom 0.8.0
26. ↑ Software Eclipse OpenChrom con nuovi convertitori di dati
27. ↑ OpenChrom 1.0.0 con nuovi convertitori di dati

letteratura

• OpenChrom: un software open source multipiattaforma per l'analisi spettrometrica di massa dei dati cromatografici , Philip Wenig, Juergen Odermatt, BMC Bioinformatics ; 2010 , doi : 10.1186/1471-2105-11-405

link internet

• Sito ufficiale
• Panoramica del progetto su SourceForge
• OpenChrom su GitHub